第二室の歴史は故大谷明先生（元感染研所長）のアルボウイルス研究に遡ると言っても過言ではありません。大谷先生が収集された貴重なアルボウイルスのコレクションを維持管理しています。

　そのおかげでジカ熱、ウエストナイル熱あるいはチクングニア熱などの再興感染症の流行に対してすばやく診断系を確立できました。

　研究対象はデングウイルス、ジカウイルスと日本脳炎ウイルスですが、他にウエストナイルウイルス等のフラビウイルスやチクングニアウイルス等のアルファウイルスに関する研究も行っています。また近年のダニ媒介脳炎患者の増加にともない、ダニ媒介脳炎の診断系の整備および不明脳炎患者におけるダニ媒介脳炎の疫学的調査等を実施しています。

　デング熱に関する研究ではマーモセットを用いた霊長類感染モデルの確立やFcγR発現BHK細胞を用いた研究により、ウイルス-抗体複合物がFcγレセプター（FcγR）を介して細胞に感染するルートの存在を明らかにしました。また抗デング薬のシーズの探索にも取り組み、その侵入機構の解明と治療法の確立を目指しています。

　ジカ熱に関する研究ではリバースジェネティクスによる感染性分子クローンの構築とウイルスの病原性部位の解析および動物モデルの開発を行っています。またジカワクチンの開発に向けた取り組みを実施しています。

　日本脳炎ウイルスに関しては、日本脳炎ウイルスの血清学的性状解析、ウイルスの病原性部位の解析と野外分離株の分子疫学的調査および神経侵襲機構の解明に取り組んでいます。

以上の活動は地方衛生研究所およびその他の研究機関との連携により実施しています。