ウイルス第一部
出血熱ウイルスを含む高原性ウイルス、アルボウイルス、神経ウイルス及びヒトヘルペスウイルスについての基礎研究、これらの病原体に起因する感染症の実験室診断法の確立、疫学的研究、病態発現機構の研究、予防・治療法の研究を行っている。ワクチン(天然痘、日本脳炎、ダニ媒介脳炎、狂犬病、水痘、帯状疱疹)の品質管理業務や検査を、ならびにこれらの標準品の作製と供給を行っている。所掌病原体・感染症の行政・依頼検査及びレファレンス業務も実施している、第二室は世界保健機構（WHO：World Health Organization） の日本脳炎レファレンスラボに指定されている。
第一室（特殊病原体室）
ウイルス性出血熱 （エボラウイルス病、マールブルグ病、ラッサ熱、クリミア・コンゴ出血熱等） や重症熱性血小板減少症候群、エムポックス、痘そう（天然痘）等の重篤な新興、再興ウイルス感染症の検査の実施や新規検査法、予防法、治療法の開発
痘そうワクチンの品質管理業務
第二室（節足動物媒介性ウイルス室）
アルボウイルスの分子疫学的研究
アルボウイルス感染症の病態解析と治療法および予防法に関する研究
日本脳炎ワクチン、ダニ媒介脳炎ワクチン、黄熱ワクチンの品質管理に関する研究
アルボウイルスのレファレンス業務
第三室（新興・希少ウイルス室）
狂犬病ウイルスを含むラブドウイルスに関する研究
狂犬病ワクチンの品質管理業務
ブニヤウイルスその他の新興・再興ウイルス（呼吸器ウイルスを除く）に関する研究
第四室（持続感染DNAウイル室）
ヒトヘルペスウイルス感染症の予防、治療、診断に関する研究
ヒトヘルペスウイルスの増殖、遺伝子発現、病原性に関する研究
ヒトヘルペスウイルスの分子及び血清疫学的研究
薬剤耐性ヘルペスウイルス感染症の診断・治療に関する研究
水痘帯状疱疹ウイルスワクチンと抗原の品質管理業務
ポリオーマウイルス感染症の実験室診断に関する研究
進行性多巣性白質脳症の臨床・疫学的な研究
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