呼吸器系ウイルス研究部

麻しんウイルス（ワクチン）、風しんウイルス（ワクチン）、ムンプスウイルス（ワクチン）、呼吸器系ウイルスワクチン（新型コロナワクチンなど）についての品質管理業務や基礎研究、並びに上記のウイルスによる感染症の実験室診断法の確立、疫学的研究、病態発現機構の研究、予防治療法の研究を行っている。

第一室（麻しん・ムンプス・風しん研究室）

麻しんワクチン及び麻しん風しん混合ワクチンの国家検定、ならびにそれらの品質管理に関する研究を行っている。また、麻疹の実験室診断法の開発、診断用標準品の整備・配布、流行ウイルス株の解析などを行っている。麻疹ウイルスの病原性や麻しんワクチンの性状に関する基礎研究を行っている。WHOの世界特別実験室(GSL)として新しい技術の開発や検査技術研修などの国際協力を行っている。

第二室（呼吸器系ウイルス・ワクチン研究室）

インフルエンザ以外の呼吸器系ウイルスワクチンの品質管理業務を行うとともに、呼吸器系ウイルスが引き起こす感染症の病原体および病因に関する研究を実施している。

第三室(重症急性呼吸器ウイルス・サイトカイン室)

新型コロナウイルス感染症（COVID-19）、中東呼吸器症候群（MERS）などの重症急性ウイルス性呼吸器感染症（インフルエンザを除く）の病因と診断・予防・治療に関する研究を行っている。またサイトカイン製剤の品質管理とそれに関連した研究を行っている。