ウイルス第二部
ウイルス第二部では、下痢症を引き起こすウイルス、ポリオウイルスをはじめとするエンテロウイルス、ならびに経口感染および血液を介して感染する肝炎ウイルス、さらには腫瘍原性を持つと考えられるウイルスを対象とした基礎研究を行っている。また、これらのウイルス感染症に対するワクチンの開発・改良、ならびに診断法の開発および高度化を推進している。さらに、疫学研究を通じて国内外の感染動向を把握するとともに、国内および世界保健機関 (WHO: World Health Organization) のレファレンスラボラトリーとしての役割を担っている。
第一室（下痢症感染ウイルス室）
○ 下痢症ウイルスの診断法および疫学解析手法の研究
○ 下痢症ウイルス感染症の予防および治療に関する研究
○ 下痢症ウイルスの分子生物学的研究
○ ポリオワクチンの検査および品質管理に関する研究
○ ロタウイルスワクチンの検査ならびに新規ワクチン開発に関する研究
第二室（エンテロウイルス室）
○ 世界ポリオ根絶に向けたポリオウイルスの実験室診断および分子疫学的解析
○ ワクチン由来ポリオウイルスのウイルス学的および疫学的解析
○ エンテロウイルス感染症の実験室診断およびレファレンス業務
○ ポリオウイルスおよびエンテロウイルスの病原性に関する分子ウイルス学的研究
第三室（腫瘍ウイルス室）
○ B 型および C 型肝炎ウイルスによる肝発癌機構の研究
○ B 型および C 型肝炎ウイルス検体パネルの整備
○ 腫瘍ウイルスによる発癌機構の分子基盤に関する研究
第四室（血液伝播性肝炎ウイルス室）
○ B 型および C 型肝炎ウイルスの分子生物学的研究
○ 血液を介して感染する肝炎ウイルスの流行動向、ならびに予防・診断・治療法に関する研究
○ 新規肝炎ウイルスの探索
○ 肝炎ウイルス検査陽性者の受診・受療を促進するフォローアップ事業
第五室（経口感染性肝炎ウイルス室）
○ 経口感染する肝炎ウイルス感染症の病原および病因の解明
○ 経口感染性肝炎の流行動向、ならびに予防・診断・治療法に関する研究
○ A 型および B 型肝炎ワクチンの検査および品質管理に関する研究