研究企画調整センター
研究企画調整センターは、調査および研究に関する重要事項の企画・立案・調整を担い、特定事項についても総括的な調整を行っている。さらに、国立感染症研究所内の研究プロジェクトの企画・実施に関する総合的な調整、関係機関との連絡・調整、他研究機関との研究プロジェクトの調整を推進している。
第一室 （政策研究室）
調査・研究および健康危機管理に関する重要事項の企画・立案・調整を行うほか、特定事項の実施を担当している。また、政策関連情報の収集・研究、講習の実施、関係行政機関との連絡調整を行っている。
第二室 （調整室）
研究企画調整センターの事務全般を総括的に調整するとともに、他の室に属さない業務を担当している。
第三室 （イノベーション推進室）
予防及び医療に関する研究開発の推進に向け、民間機関・研究機関・関係行政機関との調整を担当している。
第四室 （研究開発連携室）
予防及び医療に関する科学的根拠の集約、情報提供、さらに感染症に関する研修の実施を担当している。
第五室 （研究開発戦略室）
感染症・その他の疾患についての研究開発に関する全般事項のほか、関係機関との連携、共同研究の実施を担当しています。また、研究開発の動向に関する情報の収集や研究、さらにこれらに関する講習の事務を担当している。
第六室 （危機対応医薬品戦略室）
危機対応医薬品の開発・提供に関する情報の収集や研究、さらに、これらに関する講習の事務を担当している。
第七室 （予防接種戦略室）
ワクチンの開発・提供に関する情報の収集や研究、さらに、これらに関する講習の事務を担当している。
第八室 （公衆衛生室）
公衆衛生に関する情報の収集や研究を実施し、研究倫理やその他関連する講習の事務を担当している。
第九室 （人文社会科学戦略室）
人文学・社会科学分野に関する情報の収集や研究、新型インフルエンザ等の対策に係る生活・経済への社会的影響に関する情報の収集や研究を実施し、関連する講習の事務を担当している。
第十室 （水際対策戦略室）
検疫を中心とした水際対策に関する情報の収集や研究を実施し、感染症危機管理やその他関連する講習の事務を担当している。
第十一室 （研究企画室）
研究の土台となる基盤の整備と推進に関する事務を担当している。