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病原体ゲノム解析研究センター　第二室

病原体ゲノム解析研究センター　第二室

2026年4月27日

病原体ゲノム解析研究センター　第二室
（病原性微生物遺伝子解析室）
Laboratory of Microbial Genomics

Clinical metagenomic NGS解析の依頼はこちら


主な対象疾患・微生物

    • 原因不明感染症
    • 同定不能微生物

主な研究テーマ

  • 小児中枢神経感染症の原因究明および新規重症化マーカーの探索に関する研究
  • 宿主トランスクリプトーム解析による小児呼吸器感染症の病態評価に関する研究 
  • 原因不明感染症に対するClinical metagenomic NGS解析の臨床実装に関する研究
  • Type7 secretion system の分泌因子の網羅的解析と機能決定に関する研究
  • 重症感染症起因細菌による宿主病態誘導機構に関する研究

公開中のゲノム解析ツール

（1）PATHDET for short-read sequencing
Short-read sequencingを用いたメタゲノム解析結果から病原体候補を検出するための解析ツール。
→ https://github.com/khoriba/PATHDET_short-read

（2）PATHDET for long-read sequencing
 Long-read sequencingを用いたメタゲノム解析結果から病原体候補を検出するための解析ツール。
→ https://github.com/khoriba/PATHDET_long-read

（3）CoLoG
コロナウイルスゲノム解析の自動化パイプライン。COG-JPをローカル環境で使用可能とした解析ツール。
→ https://github.com/khoriba/CoLoG

公開中の文書

現在、不明病原体に対する次世代シークエンス（NGS）技術の具体的な活用方法について、国内を含め国際的に統一された基準や指針は確立されていません。また、NGS技術の運用には実験（検査）手技やバイオインフォマティクスを含む高度な専門知識と技術が求められます。本指針では、原因不明の感染症に対してNGS技術を活用する際の要点について、背景と目的、適応、品質管理、限界、倫理規定の観点から整理しました。
特に臨床検体を対象とした病原体検査に用いられる臨床メタゲノム解析では、結果の解釈において複数分野の専門家による連携が不可欠と考えます。本基本指針は、こうした専門家間の連携を促進するとともに、実務に即した統一的なガイドラインの策定に資することを目的としています。



メンバー構成